Federacja prowadzi działania zmierzające do poprawy komunikacji wewnętrznej między członkami federacji oraz między istniejącymi ciałami działającymi na rzecz III sektora w Mieście i Województwie. Przedstawiciele federacji wchodzą w skład ciał działających w ramach współpracy międzysektorowej takich jak:
1. Podlaska Rada Działalności Pożytku Publicznego (2 osoby z FOPMB wskazane przez Federację, decyzją zarządu są to: Anna Drabarz i Marcin Kruhlej, w 2013 w pracach Rady w charakterze gościa uczestniczyli: Bożena Bednarek i Marcin Kruhlej)
2. Zespół Konsultacyjny Organizacji Pozarządowych przy Prezydencie Miasta Białegostoku ( wszyscy reprezentanci trzeciego sektora reprezentują organizacje członkowskie FOPMB;
3. Grupa robocza ds. EFS w RPO WP na lata 2013-2020 w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Podlaskiego w tym: dwie osoby reprezentujące Federacje – najbardziej zaangażowane w proces konsultacji strategii i RPO: Agnieszka Maszkowska i Marcin Kruhlej;
4. Komisja dialogu społecznego ds. konsultacji społecznych (KDS) w ramach projektu partnerskiego „Wspólnym głosem” OWOP, Miasta Białystok i FOPMB (przewodnicząca KDS reprezentuje FOPMB, pozostali trzej przedstawiciele NGO wybrani drogą głosowania tj. Anna Skorko, Agnieszka Maszkowska i Andrzej Świetlikowski reprezentują organizacje należące do Federacji);
5. Komisja ds. Dostosowania Przestrzeni Miejskiej do potrzeb osób z niepełnosprawnością przy Prezydencie Miasta Białegostoku (reprezentant Federacji i 4 przedstawiciel i organizacji członkowskiej Federacji;
6. Federacja zaangażowała się w temat ZIT obszaru metropolitarnego i chciała świąteczne wejść do grupy przygotowującej projekt strategii ZIT. Niestety 2 listy Federacji wysłane do prezydenta nie spotkały się z zainteresowaniem; na spotkaniu konsultacyjne w tej sprawie przestawiono już projekt wcześniej przygotowanych przez ekspertów zapisów i propozycji.